Существующая трехопорная структура Европейского Союза, разграничивает политики, отнесенные к компетенции ЕС, предусматривает различные принципы и методы правового регулирования правоотношений в пределах отдельных опор.

Вместе с тем, исследователи отмечают размытость границ между структурными элементами Евросоюза, что обусловлено положением Маастрихтского договора, согласно которому Европейский Союз «имеет единую институциональную структуру, обеспечивает согласованность и непрерывность деятельности, направленной на достижение его целей, и одновременно уважения и развитие acquis communautaire». В связи с этим, могут наблюдаться случаи применения принципов первой опоры, при регулировании отношений уголовного права ЕС.

Принцип верховенства права ЕС. Структура Европейского союза предполагает, что в пределах второй и третьей опор не могут быть применены принципы верховенства и прямого действия права ЕС. В 2005 году решение Суда Европейских Сообществ (СЕСп) по делу Марии Пупино изменило привычное представление. Принцип верховенства права ЕС по вопросам, относящимся к третьей опоре, был сформулирован в этом деле как требование толкования национального законодательства в соответствии с целями, на достижение которых направлены нормы европейских законодательных актов. Так, § 41 решения устанавливает: «Применяя национальное право, национальный суд, насколько возможно, должен толковать его в свете буквы и цели рамочного решения, с тем, чтобы достичь результата, предусмотренного настоящим решением...». Весь процесс должен быть гарантированным лояльным сотрудничеством в рамках ЕС. Было установлено два возможных случая исключения из указанного правила:

1. Национальный суд остается «связанным общими принципами права, в частности правовой определенности и запрета обратной силы закона».
2. Обязательства по толкованию в соответствии с европейским правом ни в коем случае не может принудить к нелегитимному толкованию национального законодательства с целью реализации положений Рамочного решения.
   

Принцип взаимного признания судебных решений. Европейский Совет в Тампере сформулировал концепцию взаимного признания судебных решений, чем закрепил новую свободу в правовом пространстве ЕС - свободу движения судебных решений.

Принцип взаимного признания означает, что правовое мероприятие, установленное судебным решением в пределах юрисдикции одного государства-члена ЕС, должно быть немедленно признано, а при необходимости, и выполнено во всех других государствах-членах ЕС, обеспечивая в них аналогичный или подобный правовой результат. Таким образом, сложная и медленная традиционная форма международного сотрудничества по выполнению процессуальных решений, основанная на межгосударственных отношениях, когда одно суверенное государство обращается с просьбой к другому суверенному государству, которая затем принимает решение о целесообразности выполнения или невыполнения иностранного судебного решения, в ЕС была заменена на гибкий и быстрый механизм взаимного признания судебных решений. Принцип взаимного признания судебных решений указывает на то, что национальное правосудие не помогает, а выполняет решения судебной инстанции другого государства-члена ЕС.

В связи с этим, была утверждена Программа мероприятий, направленных на имплементацию принципа взаимного признания судебных решений по уголовным делам от 12.02.2001 г., которая состоит из 24 мероприятий, включающих рамочное решение о европейском ордере на арест и процедуру выдачи; рамочное решение о применении принципа взаимного признания финансовых санкций и рамочное решение о применении принципа взаимного признания конфискации; рамочное решение о европейском ордере на сбор доказательств; Зеленый документ, выданный Комиссией по приближению, взаимному признанию и исполнению уголовных наказаний в рамках ЕC; рамочное решение об определенных процессуальных правах в ходе уголовного судопроизводства на всей территории Евросоюза; Зеленый документ о взаимном признании не связанных с лишением свободы мер.