Штаб-квартира ОБСЕ находится в Вене. Представительства расположены в Женеве, Копенгагене, Гааге, Праге и Варшаве. В штате Организации на руководящих постах работает около 370 человек. Около 3 500 сотрудников работают в регионах.

Постоянный Совет ОБСЕ – главный исполнительный орган организации, состоящий из представителей стран-участниц. Совет собирается еженедельно в конгресс-центре «Хофбург» в Вене для обсуждения текущих вопросов и принятия необходимых решений.

Форум по сотрудничеству в сфере безопасности также собирается раз в неделю в столице Австрии. На нем обсуждаются и принимаются соответствующие решения, касающиеся военной составляющей безопасности Европы. Также Форум занимается новыми вызовами безопасности и разрешением конфликтов на территории ответственности Организации.

Экономический форум ОБСЕ ответственен за проблемы экономики и экологии, затрагивающие безопасность стран-участниц. Собирается раз в год в Праге.

Саммит ОБСЕ или Встреча на высшем уровне. Главы стран или правительств членов ОБСЕ периодически проводят встречи для определения политических ориентиров и приоритетов развития Организации. Перед каждой встречей проводятся подготовительные конференции, на которых дипломатами сторон контролируется реализация основных юридических обязательств, принятых на себя ОБСЕ, согласовываются позиции участников и подготавливаются основные документы для Саммита. За всю историю СБСЕ/ОБСЕ было проведено шесть Саммитов.

Совет министров иностранных дел (СМИД) созывается в те годы, когда нет Саммитов ОБСЕ, и, в некоторой мере, является их «заменителем». СМИД выбирает Генерального секретаря ОБСЕ на три года, основной функцией которого является организационная поддержка Действующего председателя. Операционная поддержка ОБСЕ осуществляется Канцелярией Генерального секретаря под его непосредственным руководством. Секретариат поддерживает миссии и проекты Организации; контактирует с международными правительственными и неправительственными структурами; координирует экономическую и экологическую политику ОБСЕ.

Действующий председатель является руководителем ОБСЕ. На этот пост ежегодно избирается министр иностранных дел какой-либо из стран-участниц. Председатель ответственен за исполнение решений, принятых Советом министров иностранных дел и на Саммите ОБСЕ, координирует общую деятельность Организации.

Парламентскую Ассамблею ОБСЕ составляют 300 депутатов-представителей законодательной власти стран, входящих в ОБСЕ. Основная роль Ассамблеи – парламентский контроль и вовлечение европейских депутатов в деятельность ОБСЕ.

Бюро по демократическим институтам и правам человека занимается мониторингом соблюдений прав человека, базовых демократических свобод в странах-участницах. Кроме того, Бюро занимается развитием демографических институтов на территории, подответственной ОБСЕ.

Отслеживанием ситуации со СМИ в странах ОБСЕ занимается Представитель по вопросам свободы средств массовой информации. Он же выносит первое предупреждение правительствам тех государств, где замечены нарушения свободы слова.

Бюро Верховного комиссара по делам нацменьшинств ответственно за ранее предупреждение конфликтов на этнической почве, которые ставят под угрозу стабильность и мирные отношения между странами-участницами ОБСЕ.

Особое место в структуре ОБСЕ отведено Мерам по укреплению доверия и безопасности. При создании этой программы преследовалась цель ослабления напряженности  в отношениях и укрепление взаимного доверия в Европе. В рамках программы были подписаны:

1. Договор об обычных вооруженных силах в Европе, установивший квоты на обычные вооружения в Европе для договаривающихся сторон.
2. Договор об открытом небе. Который позволил странам-участницам взаимно контролировать действия друг друга, в первую очередь, в сфере безопасности.

Для разрешения конфликтов и споров между членами ОБСЕ, подписавшими Конвенцию по примирению и арбитражу, создан Суд, находящийся в Женеве.

Сводный бюджет ОБСЕ состоит из бюджета Секретариата и институтов, а также бюджета полевых операций. Наполняется он в основном из членских взносов стран-участниц. Около 84% всех средств предназначено на осуществление военных миссий и проектов.